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民進黨總統候選人蔡英文拋出「大聯合政府」的議題，依據現行憲法增修條文，在總統直接民選後，應該和憲法規定的「最高行政首長」行政院長形成「雙首長制」，如果總統黨籍和國會多數黨不一致，就會形成「左右共治」。不過，修憲也把行政院長的副署權，以及立法院對閣揆的人事同意權取消，「雙首長制」向總統制傾斜，除非透過政黨協商，否則就會成為民進黨執政時期「少數統治」的憲政僵局（繆宇綸報導）

蔡英文在元月六號的最後一次總統大選電視政見會裡，拋出「大聯合政府」的議題，之後在掃街造勢的場合裡，也一再強調這個立場『民進黨勝選之後，我們不會「勝者全拿」，因為國家是全民的國家，不是一人一黨的國家！』

但國民黨方面隨即把蔡英文的主張定調為「選舉操作」，馬總統說『他們執政過八年，而且都是少數執政，當時為什麼沒有想到去推出聯合政府的構想？事實上這不是一個好的建議，它也不曾實現過，在這個時候推出來，基本上我認為是選舉語言......』

依照憲法53條規定，行政院為最高行政機關，對立法院負責，自從憲法增修條文規定總統採直接民選後，總統的「法定職掌」為外交、國防，以及兩岸事務，原先的設計是希望能成為類似法國的「雙首長制」，如果總統和國會多數黨分屬不同黨籍，總統必須任命國會多數黨人士出任閣揆，對立法院負責，形成「左右共治」，但增修條文取消了行政院長副署權，總統任命行政院長也不需要立法院同意，「雙首長制」向總統制傾斜，總統如果就是不願意和國會多數黨合作，最後的結果就是少數統治，形成憲政僵局。